眾所周知，高新技術企業研發活動相對較多，研發項目、研發產品在研發周期、資金來源等方面情況各異，稅會差異處理也較為復雜；加上高新技術企業還可享受減按15%繳納企業所得稅、小型微利企業所得稅等稅收優惠政策，涉及的政策內容較多，屬于稅務機關開展綜合執法檢查重點核查范圍。因此，隨著稅務機關不斷加強對享受研發費用加計扣除優惠企業的后續管理和監督檢查，高新技術企業是研發費用加計扣除重點核查對象，必須要全面掌握稅收政策，隨時關注政策變化新動向，以有效規避稅收風險。

因此，高新技術企業將要面臨的后續管理核查力度前所未有的增加，這就要求企業必須要嚴格按照政策文件的規定，進一步提高研發費用加計扣除的規范程度，以防止出現加計扣除處理不當的行為而引發不必要的稅務風險，甚至導致高新技術企業資格被取消的情況出現。

在國家稅收優惠政策的扶持下，該高新技術企業不斷發展，企業切實體會到稅收優惠帶來的經濟效益，積極研究開發新技術、新工藝、新產品。高新技術企業賬證健全，在研發費用的會計核算方面，能較為合理地對企業實際發生的研發費用進行核算；在納稅申報方面，能夠按時按季申報納稅及進行每年的年度納稅申報。但是，通過核查企業各研發項目研發費用加計扣除的處理情況，能夠發現許多企業還存在著以下幾個方面的涉稅問題，存在相關潛在的稅務風險點。

（1）備案資料不全。根據稅務機關要求，享受該政策的企業在進行年度匯算清繳時，需要連同申報表一起提交相關備案資料，備案資料包括企業所得稅優惠事項備案表、研發項目立項文件等。等到匯算清繳結束后，留存項目計劃書、決議文件、人員名單、研發支出輔助賬等有關資料配合稅務機關后續管理。

（2）研究開發費用填報不準確。根據國家稅務總局公告2017年第12號的要求，享受研究開發費用稅前加計扣除政策的企業，在年度納稅申報的時候，應當按照97號公告第六條第(一)項規定，附件《研發項目可加計扣除研究開發費用情況歸集表》。因此，企業在進行年度申報時，首先要填報情況歸集表，其次要根據情況歸集表填報企業所得稅年度納稅申報表中的《研發費用加計扣除優惠明細表》(A107014)，再次根據明細表填報年度納稅申報表中的《免稅、減計收入及加計扣除優惠明細表》(A107010)，最后根據免稅、減計收入及加計扣除優惠明細表填報年度納稅申報表的主表(A100000)。

（3）研發費用范圍歸集不規范。根據上文可以知道，研發費用的歸集范圍根據不同的規定則執行不同的歸集口徑。在實地核査中，發現許多高新技術企業在處理研發費用范圍方面時，混淆了所得稅加計扣除政策、高新技術企業認定、會計歸集這三個口徑，企業各研發項目可加計扣除的研發費用沒有能夠做到精準歸集。在實際經營活動中，部分企業的研發項目就出現了一些不屬于研發費用加計扣除范圍內的費用。例如，一是在項目中發現該高新技術企業財務部門提供的項目的工資明細清單，跟項目中實際具體負責進行研發的人員名單有所出入，財務部門提供的工資明細清單里還記錄有企業管理層、行政內勤等這類明顯不屬于研發人員的名單，導致更多的費用計入了研發費用；二是項目管理較為粗放，研發活動領用的材料沒有能夠準確核算具體領用的材料數量，而是直接大概設定領用比例而沒有對應的領用單等證明材料作為支撐；三是部分機器設備存在功能混淆使用的情況，但是企業并沒有能夠準確登記這部分設備的使用情況，沒有準確區分設備是用于生產還是用于研發，沒有詳細的記錄進行證明，于是該企業將這部分機器設備的維護金額全部劃歸計入研發費用，存在較大的稅務風險。

（4）研發項目部門與生產部門劃分不清。根據稅收政策文件內容可以知道，如果企業沒有設置專職負責研發的機構，或己經設置了機構但同時還參與生產經營的，企業應該要分別精確計算生產經營費用及研發費用，如果無法分辨清楚的，就不能作加計扣除處理。在實地檢查時發現，部分高新技術企業雖然設置了研究開發機構，但其下設的一些分支研發部門既有研發工作又參與到實際的生產活動當中。例如，部分高新技術企業研發項目部門的研發活動主要為研發項目并負責相關的生產經營活動，根據企業的安排，該部門一邊試投產研制，一邊生產交付，該項目的立項和各項成本費用均由研發部門進行負責。然而，在實際工作中，由于研發部門的技術人員主要職責在于開展技術研發，技術人員對于成本的歸集沒有清晰的概念，在邊研發邊生產的情況下，技術人員很難區分研發投入費用和生產經營費用，整個部門只統一上報全部的費用報表，而實際研發活動情況和生產經營費用并未進行區分，也缺少相應的基礎資料備查。再有，加上管理不到位，研發部門與財務部門之間沒有形成有效的溝通，財務部門在進行研發費用的歸集時，缺乏研發部門的配合，直接造成該項目的研發費用和生產經營費用確實無法劃清。這種情況不僅導致項目管理混亂，還很可能導致財務部門會將一些不符合研發費用加計扣除政策規定的研發費用，也計算到本企業進行可加計扣除的研發費用里面，給財務管理和享受加計扣除優惠政策帶來相應的涉稅風險。